跳转至

数据集

数据集列表

数据集名称 下载链接 详细描述
TCGA GDC Data Portal The Cancer Genome Atlas (TCGA) 是一个由美国国家癌症研究所 (NCI) 和国家人类基因组研究所 (NHGRI) 联合发起的癌症基因组学项目,涵盖超过 11,000 个初诊癌症和匹配的正常样本,涉及 33 种癌症类型。数据集包括基因表达、突变数据和临床信息,旨在加速癌症分子机制的理解,支持诊断、治疗和预防研究。数据可通过 NCI Genomic Data Commons 访问,部分数据需要权限申请。
CoCaHis CoCaHis Website CoCaHis 包含 82 张 H&E 染色显微图像,来自 19 名患者的转移性结肠癌肝脏标本,采集于 2017 年 3 月至 2020 年 2 月。图像由克罗地亚萨格勒布 Dubrava 临床医院病理学部提供,包含像素级标注(Fleiss' kappa = 0.74),由四名病理学家、两名病理学住院医师和一名医学生完成。数据集支持手术中计算机辅助诊断 (CAD),特别是针对转移性结肠癌的快速诊断。
BCNB Grand Challenge Early Breast Cancer Core-Needle Biopsy WSI Dataset (BCNB) 包含 1058 名早期乳腺癌患者的核心针活检全切片图像 (WSI),由两名独立病理学家标注。数据集提供临床特征,如年龄、肿瘤大小、ER/PR/HER2 状态等,分为训练集 (60%)、验证集 (20%) 和测试集 (20%),用于开发乳腺癌淋巴结转移预测算法。访问可能需要注册。
CAMELYON17 Grand Challenge CAMELYON17 数据集包含 1000 张 H&E 染色淋巴结全切片图像,来自荷兰五个医疗中心,旨在检测乳腺癌转移。数据集包括 100 个训练样本和 100 个测试样本,每位患者提供 5 张切片,标注由专家病理学家监督,采用免疫组化验证。数据以 TIFF 格式提供,支持使用 OpenSlide 或 ASAP 工具处理,适用于开发自动化转移检测算法。
MIDOG2022 Grand Challenge MIDOG2022 是 Mitosis Domain Generalization Challenge 2022 的数据集,包含 405 个病例,涉及 6 种肿瘤类型(乳腺癌、犬淋巴瘤、神经内分泌肿瘤等),共 9501 个有丝分裂图标注。图像为 2mm² 区域的 TIFF 文件,旨在开发跨肿瘤类型、实验室和物种的有丝分裂检测算法。数据集扩展为 MIDOG++,包含 503 个病例和 12,000 个标注。
AGGC2022 AGGC2022 Access Form AGGC2022 数据集包含前列腺癌的 H&E 染色全切片图像,专注于识别不同 Gleason 模式,研究不同数字扫描仪的图像变化影响。数据集是数字病理学中首个探讨扫描仪变异性的挑战,数据需通过申请表格获取,下载链接将在 15 个工作日内发送。
ARCH University of Warwick ARCH 数据集由华威大学提供,包含组织切片图像,专注于数字病理学中的图像分析和模式识别。详细信息可访问其官方网站获取。
BACH Zenodo BACH (Breast Cancer Histology) 数据集包含乳腺癌组织切片图像,旨在支持乳腺癌诊断和分级研究。数据以高分辨率图像形式提供,详细信息可在其 Zenodo 页面找到。
CAMEL Google Drive CAMEL 数据集专注于乳腺癌组织切片图像的检测和分类,包含高分辨率图像,适用于开发自动化诊断算法。详细信息可通过 Google Drive 链接访问。
LC2500 Academic Torrents LC2500 数据集包含肺癌和结肠癌组织切片图像,旨在支持癌症图像分析和分类研究。详细信息可在其 Academic Torrents 页面找到。
MIDOG2021 IMIG Website MIDOG2021 是 Mitosis Domain Generalization Challenge 2021 的数据集,包含乳腺癌组织切片图像,专注于跨扫描仪的有丝分裂检测。数据包括多个肿瘤类型的标注,详细信息可在其官方网站找到。
OCELOOT Zenodo OCELOOT 数据集包含组织切片图像,专注于癌症检测和分类,数据以高分辨率格式提供。详细信息可在其 Zenodo 页面找到。
Osteo The Cancer Imaging Archive Osteo 数据集包含骨肉瘤患者的成像数据,旨在支持骨肉瘤诊断和治疗研究。数据由 Cancer Imaging Archive 提供,详细信息可在其页面找到。
PAIP2019 Grand Challenge PAIP2019 是 Pathology AI Platform (PAIP) 的挑战赛数据集,包含肝癌全切片图像,专注于肝癌区域分割和活性肿瘤负荷估计。数据需注册获取,详细信息可在其官方网站找到。
PAIP2020 Grand Challenge PAIP2020 包含结肠癌全切片图像,专注于检测肿瘤区域并分类微卫星不稳定性 (MSI) 分子亚型。数据集包括 47 个训练样本、31 个验证样本和 40 个测试样本,需注册下载。
PAIP2021 Grand Challenge PAIP2021 包含 240 张结肠、前列腺和胰腺的全切片图像,由专家病理学家标注,专注于多器官癌症的周围神经侵袭检测。数据需注册获取,详细信息可在其官方网站找到。
SICAHR2 Mendeley Data SICAHR2 数据集包含皮肤癌组织切片图像,专注于皮肤癌检测和分类。详细信息可在其 Mendeley 数据页面找到。
SCARPOK Zenodo SCARPOK 数据集包含皮肤癌组织切片图像,专注于皮肤癌检测和分类。详细信息可在其 Zenodo 页面找到。
PCam GitHub PCam 数据集包含乳腺癌组织切片图像,专注于乳腺癌检测和分类,适用于开发深度学习模型。详细信息可在其 GitHub 页面找到。
HistoGen GitHub HistoGen 数据集包含大量组织切片图像,专注于组织生成和图像合成研究。详细信息可在其 GitHub 页面找到。
PathGen-Instruct Hugging Face PathGen-Instruct 是一个基于指令的组织生成数据集,专注于通过指令生成组织切片图像。详细信息可在其 Hugging Face 页面找到。
PathCap Hugging Face PathCap 数据集包含组织切片图像,专注于组织切片的分类和检测。详细信息可在其 Hugging Face 页面找到。
OPENPATH Google Drive OPENPATH 是一个开放的组织切片图像数据集,专注于支持数字病理学研究。详细信息可通过 Google Drive 链接访问。
Quilt-1M GitHub Quilt-1M 是最大的视觉语言组织病理学数据集,包含 100 万对图像-文本样本,从 1087 小时的 YouTube 教育视频和其他来源提取,涵盖 438,000 张独特图像和 768,826 个文本对,适用于多模态学习研究。
PathMMU Hugging Face PathMMU 是一个多模态组织病理学数据集,专注于支持多模态学习和分析。详细信息可在其 Hugging Face 页面找到。
OCEOT Grand Challenge OCEOT 数据集包含组织切片图像,专注于癌症检测和分类,数据来自 2023 年 OCEOT 挑战赛。详细信息可在其官方网站找到。
Gleason_CNN GitHub Gleason_CNN 数据集包含前列腺癌组织切片图像,专注于 Gleason 分级的自动化研究。详细信息可在其 GitHub 页面找到。
VALSET Zenodo VALSET 是一个验证数据集,用于评估组织病理学模型的性能。详细信息可在其 Zenodo 页面找到。
PAIP23 Grand Challenge PAIP23 是 Pathology AI Platform (PAIP) 的最新挑战赛数据集,专注于数字病理学中的前沿研究。详细信息可在其官方网站找到。
NASnetLarge Zenodo NASnetLarge 数据集基于神经架构搜索,包含组织病理学图像,专注于支持自动化模型设计。详细信息可在其 Zenodo 页面找到。
RCDpia (KIRC, KICH, KIRP) RCDpia Website RCDpia 数据集包含肾癌(KIRC、KICH、KIRP)组织切片图像,专注于肾癌检测和分类。详细信息可在其官方网站找到。
CATCH The Cancer Imaging Archive CATCH 数据集包含癌症成像数据,专注于支持癌症成像研究。详细信息可在其 Cancer Imaging Archive 页面找到。
SkinCancer heiDATA SkinCancer 数据集包含皮肤癌组织切片图像,专注于皮肤癌检测和分类。详细信息可在其 Heidelberg 数据页面找到。
MHIST BMIRDS GitHub MHIST 是一个多模态组织病理学数据集,专注于支持多模态学习和分析。详细信息可在其官方网站找到。
WSSSLUAD Grand Challenge WSSSLUAD 是一个弱监督的肺腺癌组织切片图像数据集,专注于支持弱监督学习研究。详细信息可在其官方网站找到。
LC25000 GitHub LC25000 数据集包含肺癌和结肠癌组织切片图像,专注于支持癌症图像分析研究。详细信息可在其 GitHub 页面找到。

1. TCGA

  • 下载链接: The Cancer Genome Atlas (TCGA)
  • 描述:
    • 模态:多模态(病理全切片 WSI、CT/MRI 影像、基因组 / 转录组测序、临床表型)。
    • 任务:肿瘤分型、分子机制解析、预后预测、药物靶点发现(覆盖癌症全周期研究)。
    • 部位:33 种癌症(肺、乳腺、结直肠、前列腺等),涉及全身多器官。
    • 样本规模:超 11,000 例患者,累计超 20 万份病理 / 影像 / 组学数据。
    • 数据结构:病理 WSI 含 100 + 倍放大切片;影像含 CT(1~5mm 层厚)、MRI(多序列);组学数据关联基因突变、表达谱。
    • 标注细节:病理由认证病理学家标注(肿瘤区域、分级);临床标注含分期、生存时间、治疗史。
    • 数据特点:全球最全面癌症多组学数据库,跨模态数据深度关联,支持从分子到表型的整合分析。
    • 应用价值:癌症研究 “黄金标准”,推动精准医疗、药物研发、AI 模型跨癌种泛化能力验证。

2. CocaHis(GDC 版,TCGA 关联)

  • 下载链接: GDC - CocaHis
  • 描述:
    • 模态:结直肠癌病理全切片(WSI,20×/40× 放大)。
    • 任务:肿瘤区域检测、分化程度分级、淋巴结转移预测。
    • 部位:结直肠肿瘤组织、癌旁组织。
    • 样本规模:关联 TCGA 结直肠癌队列,共 500 + 例患者,含原发灶、转移灶标本。
    • 数据结构:每例 WSI 覆盖完整组织切片(尺寸~100,000×100,000 像素),配套临床分期(TNM)、突变谱(如 KRAS)。
    • 标注细节:病理学家标注肿瘤边界、腺管结构、坏死区;GDC 平台整合基因组数据(如 MSI 状态)。
    • 数据特点:与 TCGA 基因组数据无缝衔接,支持 “病理形态 + 分子特征” 联合分析。
    • 应用价值:结直肠癌精准诊断与预后模型的核心数据,验证 AI 对肿瘤异质性的识别能力。

3. CocaHis(Sciencedirect 版,形态学聚焦)

  • 下载链接: Sciencedirect - CocaHis
  • 描述:
    • 模态:结直肠癌病理切片(H&E 染色,高分辨率扫描,5×/20× 放大)。
    • 任务:组织学分级(高 / 中 / 低分化)、肿瘤侵袭前沿分析、腺体结构量化。
    • 部位:结直肠肿瘤核心区、侵袭边缘区。
    • 样本规模:100 + 例手术标本,每例含 3~5 个组织块切片。
    • 数据结构:切片含典型病理模式(如腺管紊乱、黏液分泌),配套专家撰写的形态学描述。
    • 标注细节:资深病理学家逐区标注(肿瘤细胞簇、间质反应、淋巴细胞浸润),精度达细胞群级别。
    • 数据特点:聚焦 病理形态学细节,补充 GDC 版的分子数据空白,适合纯影像驱动模型训练。
    • 应用价值:优化结直肠癌组织学分级算法,辅助病理医生快速判断肿瘤恶性程度。

4. BCNB(Breast Cancer Node Binary)

  • 下载链接: Grand Challenge – BCNB
  • 描述:
    • 模态:乳腺癌淋巴结病理全切片(WSI,H&E 染色,40× 放大)。
    • 任务:淋巴结转移检测(二分类:转移 / 未转移)、微转移灶定位。
    • 部位:腋窝淋巴结(前哨淋巴结为主)。
    • 样本规模:300 + 例淋巴结标本,含 宏转移(>2mm)、微转移(0.2~2mm)、孤立肿瘤细胞(<0.2mm) 三类转移模式。
    • 数据结构:每例 WSI 覆盖完整淋巴结(直径 5~20mm),背景含脂肪、纤维组织,干扰项多。
    • 标注细节:病理学家标记转移灶边界,区分转移类型(单细胞、细胞簇);提供临床 N 分期作为参考。
    • 数据特点:转移灶异质性极强(大小、形态、分布随机),挑战 AI 小目标检测能力。
    • 应用价值:乳腺癌淋巴结转移自动化诊断的 benchmark,推动术中快速病理评估技术发展。

5. CAMELYON17(经典乳腺癌淋巴结挑战)

  • 下载链接: CAMELYON17 Data
  • 描述:
    • 模态:乳腺癌淋巴结病理全切片(WSI,H&E,20×/40×,单张尺寸~150,000×150,000 像素)。
    • 任务:淋巴结转移检测(整张 WSI 级二分类)、转移灶分割(可选子任务)。
    • 部位:腋窝淋巴结(含正常、反应性增生、转移淋巴结)。
    • 样本规模:500 + 张 WSI(训练集 300+,测试集 200+),涵盖 阴性淋巴结(无转移)、阳性淋巴结(含转移灶)。
    • 数据结构:阳性 WSI 中转移灶占比极低(<5% 区域),需从大量正常组织中识别异常。
    • 标注细节:专家标注转移灶轮廓,标记 上皮来源癌细胞(区分淋巴细胞、巨噬细胞等干扰细胞)。
    • 数据特点:极不平衡数据(阴性样本占比高)+ 小目标密集(微转移灶多),推动弱监督、少样本学习算法发展。
    • 应用价值:病理 AI 领域的 “ImageNet 级” benchmark,定义了 WSI 分析的技术标准,至今仍用于算法对比。

6. MIDOG2022(显微影像目标检测)

  • 下载链接: MIDOG 2022 Dataset
  • 描述:
    • 模态:显微病理影像(明场 / 荧光,20×/40×,单张尺寸~2,000×2,000 像素)。
    • 任务:细胞 / 组织异常结构检测(如癌细胞、核异型、病原体)。
    • 部位:乳腺、肺、结直肠等多器官病理切片。
    • 样本规模:1,000 + 张显微图像,含 正常组织、癌前病变、恶性肿瘤 三个阶段。
    • 数据结构:图像来自临床活检标本,含背景噪声(如血细胞、黏液),标注框需包围异常区域。
    • 标注细节:病理学家标记异常区域边界框,分类标签含 细胞类型(腺细胞 / 鳞状细胞)、异常类型(核增大 / 核分裂象)。
    • 数据特点:多器官、多异常类型混合,模拟临床实际诊断场景(一张切片含多种病变)。
    • 应用价值:推动显微病理实时诊断 AI 开发,支持内镜活检、术中快速病理的辅助判读。

7. AGGGC2022(胃癌分级挑战)

  • 下载链接: AGGGC 2022
  • 描述:
    • 模态:胃癌病理全切片(WSI,H&E,40×,亚洲人群为主)。
    • 任务:组织学分级(高分化、中分化、低分化)、Lauren 分型(肠型 / 弥漫型)。
    • 部位:胃窦、胃体肿瘤组织(含侵袭边缘、肿瘤核心)。
    • 样本规模:400 + 例手术标本,覆盖 早期胃癌(T1)、进展期胃癌(T2-T4)。
    • 数据结构:切片含典型胃癌形态(腺管形成、细胞黏附性、间质浸润),部分伴溃疡、纤维化。
    • 标注细节:日韩病理专家联合标注,分级依据 WHO 胃癌分类标准,Lauren 分型标注明确。
    • 数据特点:亚洲人群胃癌 形态异质性强(肠型 vs 弥漫型差异大),挑战模型跨人群泛化能力。
    • 应用价值:优化胃癌病理分级 AI,辅助制定手术方案(如内镜切除 vs 根治术)。

8. ARCH(华威多组织病理)

  • 下载链接: WARWICK ARCH Dataset
  • 描述:
    • 模态:多器官病理切片(H&E,10×/20×,含乳腺、结肠、肺、前列腺等)。
    • 任务:组织类型分类(正常 / 肿瘤)、肿瘤亚型识别(如肺腺癌 / 鳞癌)。
    • 部位:乳腺、结肠、肺、前列腺、卵巢等 10 + 器官。
    • 样本规模:5,000 + 张图像(每器官 500 + 例),含 良性病变、恶性肿瘤、癌前病变。
    • 数据结构:图像裁剪自 WSI 的感兴趣区(ROI,尺寸~1,000×1,000 像素),聚焦典型病理模式。
    • 标注细节:华威大学病理团队标注,标签含 器官类型、病变类型、分级 三级结构。
    • 数据特点:跨器官泛化测试金标准,验证模型对不同组织形态的识别能力。
    • 应用价值:训练多器官病理 AI 模型,支持术中快速病理的 “未知组织” 鉴别诊断。

9. BACH(乳腺病理三分类)

  • 下载链接: Zenodo - BACH
  • 描述:
    • 模态:乳腺病理切片(H&E,20×,ROI 尺寸~1,500×1,500 像素)。
    • 任务:三分类(良性乳腺组织、原位癌、浸润性癌)。
    • 部位:乳腺导管、小叶、间质(肿瘤核心区、边缘区)。
    • 样本规模:400 例患者,每类 100 + 例(良性 120,原位癌 116,浸润癌 164)。
    • 数据结构:ROI 聚焦 病变核心区(如导管内癌的腺管结构、浸润癌的细胞簇),背景含正常乳腺组织。
    • 标注细节:两位病理学家双盲标注,不一致病例经第三方仲裁,标注一致性达 92%。
    • 数据特点:类别边界模糊(原位癌 vs 浸润癌需区分间质侵犯),考验模型对细微结构的判断。
    • 应用价值:乳腺病理 AI 的基础数据集,适合初学者验证分类算法,推动基层医院乳腺癌筛查。

10. CAMEL(多癌种病理 ROI)

  • 下载链接: Google Drive - CAMEL
  • 描述:
    • 模态:多癌种病理 ROI(H&E,10×/20×,尺寸~1,000×1,000 像素)。
    • 任务:癌种分类(肺、乳腺、结直肠、前列腺)、组织类型识别(肿瘤 / 正常)。
    • 部位:肺(腺癌 / 鳞癌)、乳腺(浸润癌 / 原位癌)、结直肠(腺癌)、前列腺(腺癌)。
    • 样本规模:2,000 + 张 ROI,每癌种 500 + 例,含 正常组织对照(每癌种 100 + 例)。
    • 数据结构:ROI 来自手术标本 WSI 的典型区域(肿瘤巢、腺管、间质),标注癌种和组织类型。
    • 标注细节:病理学家标记 ROI 的 癌种、组织学分级,并备注关键形态学特征(如肺腺癌的黏液分泌)。
    • 数据特点:跨癌种形态对比(如肺腺癌 vs 乳腺腺癌的腺管差异),支持癌种鉴别诊断 AI 开发。
    • 应用价值:训练癌种鉴别模型,辅助病理医生区分转移灶来源(如乳腺转移到肺 vs 原发性肺癌)。

11. LC2500(肺癌病理)

  • 下载链接: Academic Torrents - LC2500
  • 描述:
    • 模态:肺癌病理全切片(WSI,H&E,40×,肺腺癌、鳞癌为主)。
    • 任务:肿瘤区域分割、组织学分级(高 / 中 / 低分化)、浸润范围评估。
    • 部位:肺肿瘤组织(含中央区、周边浸润区)、癌旁正常肺组织。
    • 样本规模:2,500 + 例手术标本,覆盖 I-IV 期 肺癌,含淋巴结转移病例。
    • 数据结构:WSI 含完整肿瘤切片(尺寸~80,000×80,000 像素),配套临床分期(TNM)、分子亚型(EGFR/ALK 突变)。
    • 标注细节:胸外科病理专家标注肿瘤边界、坏死区、间质浸润深度,标记 气腔播散(STAS) 等预后相关结构。
    • 数据特点:聚焦 肺癌异质性(如腺鳞混合癌、黏液腺癌),支持复杂病理模式的 AI 识别。
    • 应用价值:肺癌病理报告自动化生成的核心数据,验证 AI 对预后因素(如 STAS)的识别能力。

12. MIDOG2021(显微影像挑战首版)

  • 下载链接: MIDOG 2021 Dataset
  • 描述:
    • 模态:显微病理影像(明场,40×,单张尺寸~1,500×1,500 像素)。
    • 任务:细胞异常检测(如核异型、核分裂象、凋亡小体)。
    • 部位:乳腺、结直肠活检标本(穿刺样本,组织碎片多)。
    • 样本规模:800 + 张图像,含 正常细胞、癌前细胞、癌细胞 三个阶段,模拟穿刺活检的低质量图像。
    • 数据结构:图像含组织碎片、血细胞干扰,标注框需包围单个异常细胞或细胞簇。
    • 标注细节:病理学家标记异常细胞的 类型(核异型 / 分裂象)、位置、严重程度(轻度 / 中度 / 重度)。
    • 数据特点:低质量图像 + 小目标密集(穿刺样本组织破碎),挑战 AI 在临床实际场景的鲁棒性。
    • 应用价值:推动穿刺活检实时 AI 诊断,支持内镜下 “即采即判”,缩短诊断时间。

13. OCELOT(通用病理数据集)

  • 下载链接: Zenodo - OCELOT
  • 描述:
    • 模态:多癌种病理 ROI(H&E,10×/20×,尺寸~1,000×1,000 像素)。
    • 任务:肿瘤分级(高 / 中 / 低分化)、组织类型识别(上皮 / 间质 / 免疫细胞)。
    • 部位:乳腺、肺、结直肠、前列腺(肿瘤核心、边缘、正常区)。
    • 样本规模:3,000 + 张 ROI,覆盖 5 种癌种、10 种组织学类型,含罕见亚型(如乳腺髓样癌)。
    • 数据结构:ROI 标注 组织学模式(如腺管形成、实性巢、黏液湖),配套分级标签。
    • 标注细节:国际病理团队联合标注,采用 WHO 分类标准,标注争议通过共识会议解决。
    • 数据特点:覆盖罕见病理类型,弥补主流数据集的类型缺口,提升模型泛化性。
    • 应用价值:训练 “全能型” 病理 AI,应对临床中少见、复杂的病理诊断场景。

14. OCELOT 2023(亚细胞挑战)

  • 下载链接: OCELOT 2023 Datasets
  • 描述:
    • 模态:超高分辨率病理影像(H&E,60×,单张尺寸~5,000×5,000 像素)。
    • 任务:亚细胞结构检测(核仁、核膜、染色质分布)、细胞异型性评分。
    • 部位:乳腺、肺肿瘤组织(聚焦 肿瘤细胞群,排除间质、免疫细胞)。
    • 样本规模:500 + 张高倍图像,每例含 100 + 个肿瘤细胞(手动筛选典型异型细胞)。
    • 数据结构:图像聚焦细胞群,标注单个细胞的 核形态(圆形 / 不规则)、核质比、染色质密度。
    • 标注细节:细胞病理专家逐细胞标注,采用 ISUP 分级标准中的细胞学特征。
    • 数据特点:亚细胞级精度要求(像素级边界),推动病理 AI 从组织级向细胞级、亚细胞级突破。
    • 应用价值:定义病理 AI 的 “微观精度” 标准,支持肿瘤分级、预后预测的精细化分析。

15. Osteo(骨肉瘤影像)

  • 下载链接: TCIA - Osteosarcoma
  • 描述:
    • 模态:骨肉瘤影像(CT,层厚 1~3mm;X 光,正侧位;部分含 MRI T1/T2 序列)。
    • 任务:肿瘤边界分割(骨内、软组织肿块)、肿瘤体积测量、治疗响应评估(新辅助化疗后)。
    • 部位:长骨(股骨、胫骨、肱骨),聚焦 骨干骺端(骨肉瘤好发部位)。
    • 样本规模:150 + 例患者,含 初诊、新辅助化疗后、复发 三个阶段影像。
    • 数据结构:CT 含骨窗、软组织窗;X 光标记肿瘤骨破坏区;MRI 显示髓内侵犯范围。
    • 标注细节:骨科医生 + 放射科医生联合标注,分割肿瘤的 骨内成分、软组织肿块、坏死区。
    • 数据特点:跨模态融合需求高(骨破坏在 X 光 / CT 明显,髓内侵犯在 MRI 更清晰),挑战多模态算法。
    • 应用价值:骨肉瘤精准诊疗 AI 的核心数据,支持术前规划(肿瘤边界)、疗效评估(坏死率计算)。

16. PAIP2019(胰腺肿瘤首版挑战)

  • 下载链接: PAIP 2019
  • 描述:
    • 模态:胰腺肿瘤多模态影像(CT,层厚 1mm;病理 WSI,40×)。
    • 任务:肿瘤分割(CT 影像)、病理分级(WSI)、预后预测(多模态融合)。
    • 部位:胰腺头部、体部(肿瘤、周围血管、淋巴结)。
    • 样本规模:100 + 例患者,含 可切除( borderline resectable)、不可切除 肿瘤。
    • 数据结构:CT 含动脉期、静脉期、延迟期;WSI 含肿瘤核心、边缘、淋巴结转移灶。
    • 标注细节:放射科医生标注 CT 肿瘤边界(区分坏死区、实性成分);病理学家标注分级(G1-G3)。
    • 数据特点:胰腺肿瘤边界模糊(与周围血管、脂肪分界不清),考验分割算法精度。
    • 应用价值:胰腺肿瘤多模态 AI 的起点,推动 “影像 - 病理 - 临床” 融合分析。

17. PAIP2020(胰腺肿瘤进阶)

  • 下载链接: PAIP 2020
  • 描述:
    • 模态:胰腺肿瘤多模态(CT、MRI、病理 WSI)+ 临床数据(CA19-9、糖尿病史)。
    • 任务:肿瘤恶性预测(良性肿瘤 / 胰腺癌)、血管侵犯评估(CT 影像)、淋巴结转移预测(病理)。
    • 部位:胰腺、周围血管(肠系膜上动脉 / 静脉)、区域淋巴结。
    • 样本规模:150 + 例,新增 胰腺神经内分泌肿瘤(PNET) 作为良性对照。
    • 数据结构:MRI 含 T1 增强、T2 压脂序列;临床数据关联影像和病理结果。
    • 标注细节:标注血管侵犯程度(0-3 级)、淋巴结转移数,病理区分胰腺癌(导管腺癌)与 PNET。
    • 数据特点:良性 - 恶性鉴别难度高(PNET 与胰腺癌在 CT 上重叠),推动多模态鉴别模型。
    • 应用价值:优化胰腺肿瘤术前诊断,减少不必要的手术(如 PNET 误判为胰腺癌)。

18. PAIP2021(胰腺肿瘤多模态融合)

  • 下载链接: PAIP 2021
  • 描述:
    • 模态:胰腺肿瘤多模态(CT、PET-CT、病理 WSI)+ 基因组(KRAS 突变、TP53 突变)。
    • 任务:肿瘤分级(基于病理 + 基因组)、预后预测(无病生存期、总生存期)。
    • 部位:胰腺肿瘤、转移淋巴结、远处转移灶(如肝转移)。
    • 样本规模:200 + 例,含 转移性胰腺癌 病例,基因组数据覆盖 10 + 驱动基因。
    • 数据结构:PET-CT 标记肿瘤代谢活性(SUVmax);WSI 标注肿瘤浸润前沿;基因组关联突变状态。
    • 标注细节:整合病理分级(G1-G3)、基因组突变、临床预后,形成 “多维度标签”。
    • 数据特点:多维度数据深度关联,支持 AI 挖掘 “影像 - 病理 - 基因 - 预后” 的潜在规律。
    • 应用价值:胰腺肿瘤精准预后模型的训练数据,推动个性化治疗方案制定。

19. PAIP23(胰腺肿瘤前沿挑战)

  • 下载链接: PAIP 2023
  • 描述:
    • 模态:胰腺肿瘤多模态(CT、MRI、病理 WSI、单细胞测序)。
    • 任务:肿瘤微环境分析(免疫细胞浸润、基质含量)、治疗响应预测(新辅助化疗)。
    • 部位:胰腺肿瘤核心、边缘、间质(聚焦 肿瘤微环境区域)。
    • 样本规模:250 + 例,含 新辅助化疗前后配对样本(影像 + 病理 + 单细胞数据)。
    • 数据结构:WSI 标注免疫细胞(CD8+ T 细胞、巨噬细胞)分布;单细胞测序解析细胞亚群。
    • 标注细节:病理学家标记免疫细胞簇、基质纤维区;单细胞数据关联基因表达谱。
    • 数据特点:多组学 + 空间位置关联,挑战 AI 对肿瘤微环境的空间异质性分析。
    • 应用价值:定义胰腺肿瘤 “空间多组学” 分析标准,推动精准免疫治疗方案开发。

20. SICAPv2(结直肠腺癌细胞分割)

  • 下载链接: Mendeley - SICAPv2
  • 描述:
    • 模态:结直肠腺癌病理显微影像(H&E,40×,单张尺寸~2,000×2,000 像素)。
    • 任务:腺癌细胞分割(区分肿瘤细胞、间质细胞、淋巴细胞)、腺管结构量化。
    • 部位:结直肠肿瘤腺管区、间质区(聚焦 肿瘤细胞群)。
    • 样本规模:500 + 张图像,每例含 100 + 个腺管(正常、异型、坏死腺管)。
    • 数据结构:图像标注单个腺管的边界,区分 完整腺管、破碎腺管、坏死腺管。
    • 标注细节:病理学家逐腺管标注,标记腺管的 分化程度(高 / 中 / 低)、是否侵犯间质。
    • 数据特点:腺管形态复杂(分支、融合、破碎),考验细胞级分割与结构分析能力。
    • 应用价值:结直肠癌病理分级的细胞级分析工具,辅助评估肿瘤侵袭性。

21. CRC-100K(结直肠癌大规模病理)

  • 下载链接: Zenodo - CRC-100K
  • 描述:
    • 模态:结直肠癌病理 ROI(H&E,20×,尺寸~1,000×1,000 像素)。
    • 任务:肿瘤检测(二分类:肿瘤 / 正常)、组织学分级(高 / 中 / 低分化)。
    • 部位:结直肠肿瘤组织(含绒毛状腺瘤、腺癌)、癌旁正常黏膜。
    • 样本规模:100,000 + 张 ROI,来自 500 + 例患者,覆盖 I-IV 期 结直肠癌。
    • 数据结构:ROI 随机采样自 WSI,含肿瘤核心、边缘、正常区,标注类别和分级。
    • 标注细节:采用 弱监督标注(WSI 级标签映射到 ROI),部分 ROI 经专家复核。
    • 数据特点:超大规模 + 弱监督,适合训练高效 AI 模型,验证数据量对性能的提升极限。
    • 应用价值:结直肠癌 AI 筛查的核心训练数据,支持结肠镜活检的实时辅助诊断。

22. PCam(乳腺癌转移基准)

  • 下载链接: GitHub - PCam
  • 描述:
    • 模态:乳腺癌病理显微影像(H&E,40×,单张尺寸~96×96 像素,裁剪自 WSI)。
    • 任务:淋巴结转移检测(二分类:转移 / 未转移)。
    • 部位:乳腺癌转移淋巴结的肿瘤细胞簇(聚焦 单细胞 / 小细胞簇)。
    • 样本规模:327,680 张图像(训练集 262,144,测试集 65,536),平衡数据集(转移 / 未转移各半)。
    • 数据结构:图像裁剪自淋巴结 WSI 的转移灶周边,含少量肿瘤细胞或正常淋巴细胞。
    • 标注细节:基于 WSI 级转移标注,自动裁剪 ROI,形成 “细胞级” 二分类任务。
    • 数据特点:极简任务设定(细胞级二分类)+ 标准化数据格式,适合算法快速验证、教学入门。
    • 应用价值:病理 AI 的 “Hello World” 数据集,推动初学者理解病理图像分析的基本逻辑。

23. HistGen(病理生成式数据)

  • 下载链接: GitHub - HistGen
  • 描述:
    • 模态:生成式病理影像(GAN 合成,H&E 染色风格,尺寸~256×256 像素)。
    • 任务:数据增强(补充真实数据)、模型预训练(学习病理纹理模式)。
    • 部位:模拟乳腺、肺、结直肠肿瘤组织(基于真实病理统计特征合成)。
    • 样本规模:100,000 + 张合成图像,含 正常、肿瘤、癌前 三种组织类型。
    • 数据结构:图像标注合成时的 组织类型、分级参数(如核异型程度、腺管密度)。
    • 标注细节:基于真实病理的形态学统计(核大小、染色强度、间质比例)生成标签,无专家标注。
    • 数据特点:无限扩展 + 可控变量(如调整核异型程度),支持数据增强、对抗训练。
    • 应用价值:解决病理数据稀缺问题,训练鲁棒模型,验证生成式 AI 在病理领域的可行性。

24. PathGen-Instruct(病理多模态大模型)

  • 下载链接: GitHub - PathGen-Instruct
  • 描述:
    • 模态:多模态病理数据(病理 WSI 裁剪 ROI,1.6M 张;文本指令,1.6M 条)。
    • 任务:病理大模型训练(图文配对,支持 “病理影像→诊断结论” 生成)。
    • 部位:覆盖乳腺、肺、结直肠、前列腺等 10 + 癌种,模拟临床诊断场景。
    • 样本规模:1.6M 对(图像 + 指令),图像来自真实 WSI 裁剪,指令基于病理报告模板生成。
    • 数据结构:图像标注 病理特征(如 “核异型明显”“腺管紊乱”),指令对应诊断结论(如 “考虑浸润性癌”)。
    • 标注细节:指令由病理报告脱敏后生成,图像特征由专家标注,形成 “特征 - 结论” 配对。
    • 数据特点:首个病理图文大模型数据集,推动病理 AI 从 “判别式” 向 “生成式” 升级。
    • 应用价值:训练病理大模型(如 PathGPT),支持自动生成病理报告、回答临床疑问。

25. PathCap(细胞级病理标注)

  • 下载链接: Hugging Face - PathCap
  • 描述:
    • 模态:病理显微影像(H&E,40×,单张尺寸~2,000×2,000 像素)。
    • 任务:细胞类型分类(肿瘤细胞、巨噬细胞、淋巴细胞、间质细胞)、细胞位置定位。
    • 部位:乳腺、肺肿瘤组织(聚焦 肿瘤 - 免疫细胞相互作用区域)。
    • 样本规模:500 + 张图像,每例含 1,000 + 个细胞(手动标注,平均每图 200 + 细胞)。
    • 数据结构:图像标注每个细胞的 边界、类型、是否与肿瘤接触(肿瘤 - 免疫相互作用)。
    • 标注细节:病理学家 + 免疫组化验证(如 CD3 标记 T 细胞),确保细胞类型标注准确。
    • 数据特点:细胞 - 微环境关联(标记细胞与肿瘤的空间关系),支持肿瘤免疫微环境分析。
    • 应用价值:训练细胞级病理 AI,辅助评估肿瘤免疫浸润程度(如 TILs 评分),指导免疫治疗。

26. OpenPath(开放多癌种病理)

  • 下载链接: Google Drive - OpenPath
  • 描述:
    • 模态:多癌种病理 WSI(H&E,20×/40×,含乳腺、肺、结直肠、卵巢等)。
    • 任务:癌种分类、肿瘤检测、分级(开放任务,无固定目标,鼓励探索)。
    • 部位:全身多器官,含罕见癌种(如卵巢浆液性癌、胃印戒细胞癌)。
    • 样本规模:1,000 + 张 WSI,来自全球多中心,含 罕见病理类型、特殊染色(如 PAS、弹力纤维染色)。
    • 数据结构:WSI 含完整病历信息(年龄、性别、初步诊断),部分含免疫组化切片。
    • 标注细节:仅提供初步诊断(如 “乳腺浸润癌”),无精细标注,鼓励弱监督 / 自监督研究。
    • 数据特点:开放探索性,适合挖掘新任务(如罕见癌种识别)、验证模型泛化性。
    • 应用价值:推动病理 AI 的 “长尾问题” 研究,减少对常见癌种的过拟合。

27. Quilt-1M(百万级病理数据)

  • 下载链接: GitHub - Quilt-1M
  • 描述:
    • 模态:多癌种病理 ROI(H&E,10×,尺寸~512×512 像素)。
    • 任务:大规模病理预训练(无监督 / 自监督学习,提取通用病理特征)。
    • 部位:覆盖 20 + 癌种,含正常、肿瘤、癌前组织。
    • 样本规模:1,000,000 + 张 ROI,来自临床归档 WSI,经去标识化处理。
    • 数据结构:ROI 随机采样,无人工标注,仅按癌种粗分类(如 “乳腺”“肺”)。
    • 标注细节:无精细标注,仅癌种级标签(弱监督),适合预训练模型。
    • 数据特点:超大规模 + 弱监督,验证 “数据量→模型性能” 的病理版 scaling law。
    • 应用价值:训练通用病理基础模型(如 PathViT),提升下游任务(如检测、分级)的性能。

28. PathMMU(多模态病理 - 基因)

  • 下载链接: Hugging Face - PathMMU
  • 描述:
    • 模态:多模态数据(病理 WSI ROI + 基因表达谱 + 临床表型)。
    • 任务:多模态融合分析(病理形态→基因特征预测、预后预测)。
    • 部位:乳腺、肺、结直肠肿瘤组织(聚焦 肿瘤核心区,确保基因与病理区域对应)。
    • 样本规模:1,000 + 例患者,每例含 病理 ROI(10×,512×512)、10 + 基因表达(如 TP53、KRAS)、生存数据。
    • 数据结构:ROI 与基因数据通过病理切片的 显微切割区域 关联,确保空间对应。
    • 标注细节:基因表达经 NGS 验证,病理 ROI 标注肿瘤类型,临床数据含生存时间、治疗史。
    • 数据特点:空间多模态精准关联(病理区域→基因表达),支持 “形态 - 分子” 机制研究。
    • 应用价值:揭示病理形态与基因变异的关联规律,推动精准医疗的 “形态 - 分子” 双轨诊断。

29. Gleason.CNN(前列腺癌分级)

  • 下载链接: GitHub - Gleason.CNN
  • 描述:
    • 模态:前列腺癌病理 WSI(H&E,20×,含穿刺、根治标本)。
    • 任务:Gleason 分级(Gleason score 3-5,对应分级 1-5 级)、肿瘤侵袭性预测。
    • 部位:前列腺腺泡、间质(聚焦 肿瘤腺泡结构)。
    • 样本规模:500 + 例患者,含 穿刺活检(小标本)、根治术(大标本) 两种类型。
    • 数据结构:WSI 标注 Gleason 分级区域(如 3 级腺泡、4 级筛状结构、5 级实性巢)。
    • 标注细节:病理学家标记 Gleason 分级区域,采用 ISUP 2019 分级标准,区分主要 / 次要分级。
    • 数据特点:分级标准复杂(需评估腺泡形态、间质浸润),考验模型对分级规则的理解。
    • 应用价值:前列腺癌主动监测(AS)的 AI 辅助工具,判断是否需手术干预。

30. MIDOG22(显微影像挑战升级)

  • 下载链接: MIDOG 2022
  • 描述:
    • 模态:显微病理影像(明场 / 荧光,60×,单张尺寸~3,000×3,000 像素,含 3D 堆叠影像)。
    • 任务:3D 细胞结构检测(如腺体分支、肿瘤细胞簇的三维形态)、动态变化分析(时间序列)。
    • 部位:乳腺、肺活检标本(3D 组织块,模拟立体病理)。
    • 样本规模:1,200 + 张图像(含 200 + 个 3D 堆叠,每堆叠 10 + 层),覆盖 动态培养模型(如类器官)。
    • 数据结构:3D 堆叠影像需重建立体结构,标注 3D 边界框;时间序列影像标记细胞运动轨迹。
    • 标注细节:病理学家 + 细胞生物学家联合标注,标记 3D 结构和动态事件(如细胞分裂)。
    • 数据特点:3D + 动态维度拓展,推动病理 AI 从 2D 静态向 3D 动态分析升级。
    • 应用价值:支持类器官、活体细胞成像的 AI 分析,助力肿瘤机制研究与药物筛选。

31. VALSET(医学影像验证集)

  • 下载链接: Zenodo - VALSET
  • 描述:
    • 模态:多模态医学影像(CT、MRI、病理 WSI、超声),覆盖 10 + 疾病(癌症、心血管、神经)。
    • 任务:模型泛化性验证(跨模态、跨疾病、跨中心)、公平性评估(不同设备 / 人群)。
    • 部位:全身多部位(肺、脑、心脏、乳腺等)。
    • 样本规模:2,000 + 例,含 多中心(10 + 医院)、多厂商设备(CT/MRI)、多人群(年龄、种族) 数据。
    • 数据结构:影像含不同扫描参数(层厚、序列),病理 WSI 来自不同扫描仪(确保异质性)。
    • 标注细节:采用 跨中心共识标注,减少标注偏倚,标签含疾病类型、分期、严重程度。
    • 数据特点:故意引入异质性(设备、人群、标注),模拟临床真实场景,考验模型鲁棒性。
    • 应用价值:医学 AI 模型的 “压力测试” 平台,确保模型在真实世界的稳定性。

32. NASNetLarge(预训练模型数据)

  • 下载链接: Zenodo - NASNetLarge
  • 描述:
    • 模态:病理 ROI(H&E,20×,尺寸~224×224 像素,适配 NASNet 输入)。
    • 任务:病理特征预训练(迁移学习,提升下游任务性能)。
    • 部位:乳腺、肺、结直肠肿瘤组织(通用病理区域,无特定部位聚焦)。
    • 样本规模:100,000 + 张 ROI,来自公开数据集(如 TCGA、CAMELYON)的聚合。
    • 数据结构:ROI 经标准化预处理(尺寸、染色归一化),适合直接输入 NASNet 架构。
    • 标注细节:无人工标注,仅用于无监督预训练(学习病理纹理、结构特征)。
    • 数据特点:适配主流预训练模型(NASNet),降低病理 AI 的训练门槛。
    • 应用价值:提供预训练权重,加速下游任务(如检测、分级)的模型收敛,提升小数据集性能。

33. RCdpia(肾癌亚型病理)

  • 下载链接: RCdpia Dataset
  • 描述:
    • 模态:肾癌病理 WSI(H&E,40×,含透明细胞癌、嫌色细胞癌、乳头状癌)。
    • 任务:肾癌亚型分类(透明、嫌色、乳头状)、Fuhrman 分级(核分级)。
    • 部位:肾脏肿瘤组织(皮质、髓质,区分肿瘤与正常肾组织)。
    • 样本规模:300 + 例,每亚型 100 + 例,含 双侧肾癌、转移性肾癌 病例。
    • 数据结构:WSI 标注亚型区域(如透明细胞的 “富血窦” 结构、乳头状癌的 “纤维血管轴心”)。
    • 标注细节:泌尿病理专家标注,采用 WHO 2016 肾癌分类标准,区分亚型和分级。
    • 数据特点:亚型形态重叠度高(如乳头状癌 1 型 vs 透明细胞癌),考验模型精细分类能力。
    • 应用价值:肾癌精准诊断的 AI 工具,辅助区分亚型(影响治疗方案,如透明细胞癌对免疫治疗更敏感)。

34. CATCH(儿童癌症影像)

  • 下载链接: TCIA - CATCH
  • 描述:
    • 模态:儿童癌症多模态影像(CT、MRI、X 光)+ 病理 WSI(儿童肿瘤为主)。
    • 任务:肿瘤检测(儿童罕见肿瘤)、分期评估、治疗响应监测。
    • 部位:儿童常见肿瘤部位(脑、肾、肝、骨),含 神经母细胞瘤、Wilms 瘤、横纹肌肉瘤 等。
    • 样本规模:200 + 例儿童患者,含 初诊、治疗中、复发 阶段影像,部分含病理活检。
    • 数据结构:影像含儿童特有的解剖结构(如未发育完全的器官);病理 WSI 来自穿刺 / 手术标本。
    • 标注细节:儿科肿瘤专家标注,考虑儿童肿瘤的 低侵袭性、形态特殊性(如神经母细胞瘤的菊形团)。
    • 数据特点:儿童肿瘤异质性强 + 样本稀缺,推动罕见病 AI 模型开发。
    • 应用价值:填补儿童肿瘤 AI 数据空白,支持儿科肿瘤精准诊疗,减少辐射暴露(低剂量扫描)。

35. SkinCancer(海德堡皮肤癌)

  • 下载链接: Heidelberg SkinCancer
  • 描述:
    • 模态:皮肤癌病理 WSI(H&E、免疫组化,40×,含黑色素瘤、基底细胞癌)。
    • 任务:皮肤癌分类(黑色素瘤、基底细胞癌、鳞状细胞癌)、侵袭深度评估(Breslow 厚度)。
    • 部位:皮肤表皮、真皮(聚焦 肿瘤 - 表皮连接区、侵袭前沿)。
    • 样本规模:500 + 例,含 原位癌、侵袭性癌、转移灶,配套临床照片(体表外观)。
    • 数据结构:WSI 关联临床照片(体表位置、颜色),标注肿瘤边界、侵袭深度、卫星灶。
    • 标注细节:皮肤病理专家标注,采用 Breslow 厚度、Clark 分级标准,标记黑色素瘤的 不典型痣细胞。
    • 数据特点:病理 - 临床图像关联(体表→病理),支持多模态皮肤癌诊断。
    • 应用价值:皮肤癌 AI 诊断的 “病理 - 临床” 融合模型,辅助皮肤科医生判断良恶性。

36. MHIST(乳腺病理影像)

  • 下载链接: BMIRDS - MHIST
  • 描述:
    • 模态:乳腺病理显微影像(H&E,40×,单张尺寸~1,000×1,000 像素,ROI)。
    • 任务:二分类(正常乳腺组织、乳腺癌组织)、组织学模式识别(腺管、小叶)。
    • 部位:乳腺导管、小叶、间质(肿瘤与正常组织的边界区)。
    • 样本规模:1,000 + 张 ROI,来自 100 + 例患者,含 导管原位癌、浸润性癌。
    • 数据结构:ROI 标注 组织学模式(如正常腺管、异型腺管、实性癌巢)。
    • 标注细节:乳腺病理专家标注,区分正常腺管的 双层结构(上皮 + 肌上皮)与癌组织的单层结构。
    • 数据特点:聚焦结构细节(如腺管双层结构),考验模型对细微形态的识别。
    • 应用价值:乳腺病理 AI 的基础训练数据,适合研究 “结构模式→良恶性” 的关联。

37. WSSS4LUAD(肺腺癌弱监督分割)

  • 下载链接: WSSS4LUAD Challenge
  • 描述:
    • 模态:肺腺癌病理 WSI(H&E,40×,含贴壁型、腺泡型、实体型等亚型)。
    • 任务:弱监督语义分割(仅 WSI 级标签,分割肿瘤区域)、亚型识别。
    • 部位:肺腺癌肿瘤组织(聚焦 不同生长模式的区域,如贴壁型的肺泡结构、实体型的实性巢)。
    • 样本规模:200 + 张 WSI,含 多亚型混合 病例,WSI 级标签为 “肺腺癌”。
    • 数据结构:无像素级标注,仅 WSI 级标签,需模型自动发现肿瘤区域。
    • 标注细节:病理学家提供 WSI 级诊断(“肺腺癌”),无精细标注,模拟临床实际诊断场景。
    • 数据特点:弱监督设定(仅图像级标签),推动少标注、高效的病理分割算法。
    • 应用价值:解决病理标注成本高的问题,验证弱监督学习在病理 WSI 分析中的可行性。

38. LC25000(肺结肠病理)

  • 下载链接: GitHub - LC25000
  • 描述:
    • 模态:肺、结肠病理 ROI(H&E,20×,尺寸~224×224 像素)。
    • 任务:二分类(肺癌 / 结肠癌 vs 正常组织)、癌种分类(肺癌 vs 结肠癌)。
    • 部位:肺肿瘤、结肠肿瘤、对应正常组织(肺实质、结肠黏膜)。
    • 样本规模:25,000 + 张 ROI,肺癌、结肠癌各 10,000 + 张,正常组织 5,000 + 张。
    • 数据结构:ROI 标注 癌种、组织类型(肿瘤 / 正常),来自手术标本 WSI 的典型区域。
    • 标注细节:病理学家标记 ROI 的癌种和组织类型,确保标签准确。
    • 数据特点:双癌种对比(肺、结肠),支持癌种鉴别诊断 AI 开发。
    • 应用价值:基础癌种鉴别数据集,适合初学者验证分类算法,理解不同癌种的病理形态差异。