数据集
数据集列表
| 数据集名称 | 下载链接 | 详细描述 |
|---|---|---|
| TCGA | GDC Data Portal | The Cancer Genome Atlas (TCGA) 是一个由美国国家癌症研究所 (NCI) 和国家人类基因组研究所 (NHGRI) 联合发起的癌症基因组学项目,涵盖超过 11,000 个初诊癌症和匹配的正常样本,涉及 33 种癌症类型。数据集包括基因表达、突变数据和临床信息,旨在加速癌症分子机制的理解,支持诊断、治疗和预防研究。数据可通过 NCI Genomic Data Commons 访问,部分数据需要权限申请。 |
| CoCaHis | CoCaHis Website | CoCaHis 包含 82 张 H&E 染色显微图像,来自 19 名患者的转移性结肠癌肝脏标本,采集于 2017 年 3 月至 2020 年 2 月。图像由克罗地亚萨格勒布 Dubrava 临床医院病理学部提供,包含像素级标注(Fleiss' kappa = 0.74),由四名病理学家、两名病理学住院医师和一名医学生完成。数据集支持手术中计算机辅助诊断 (CAD),特别是针对转移性结肠癌的快速诊断。 |
| BCNB | Grand Challenge | Early Breast Cancer Core-Needle Biopsy WSI Dataset (BCNB) 包含 1058 名早期乳腺癌患者的核心针活检全切片图像 (WSI),由两名独立病理学家标注。数据集提供临床特征,如年龄、肿瘤大小、ER/PR/HER2 状态等,分为训练集 (60%)、验证集 (20%) 和测试集 (20%),用于开发乳腺癌淋巴结转移预测算法。访问可能需要注册。 |
| CAMELYON17 | Grand Challenge | CAMELYON17 数据集包含 1000 张 H&E 染色淋巴结全切片图像,来自荷兰五个医疗中心,旨在检测乳腺癌转移。数据集包括 100 个训练样本和 100 个测试样本,每位患者提供 5 张切片,标注由专家病理学家监督,采用免疫组化验证。数据以 TIFF 格式提供,支持使用 OpenSlide 或 ASAP 工具处理,适用于开发自动化转移检测算法。 |
| MIDOG2022 | Grand Challenge | MIDOG2022 是 Mitosis Domain Generalization Challenge 2022 的数据集,包含 405 个病例,涉及 6 种肿瘤类型(乳腺癌、犬淋巴瘤、神经内分泌肿瘤等),共 9501 个有丝分裂图标注。图像为 2mm² 区域的 TIFF 文件,旨在开发跨肿瘤类型、实验室和物种的有丝分裂检测算法。数据集扩展为 MIDOG++,包含 503 个病例和 12,000 个标注。 |
| AGGC2022 | AGGC2022 Access Form | AGGC2022 数据集包含前列腺癌的 H&E 染色全切片图像,专注于识别不同 Gleason 模式,研究不同数字扫描仪的图像变化影响。数据集是数字病理学中首个探讨扫描仪变异性的挑战,数据需通过申请表格获取,下载链接将在 15 个工作日内发送。 |
| ARCH | University of Warwick | ARCH 数据集由华威大学提供,包含组织切片图像,专注于数字病理学中的图像分析和模式识别。详细信息可访问其官方网站获取。 |
| BACH | Zenodo | BACH (Breast Cancer Histology) 数据集包含乳腺癌组织切片图像,旨在支持乳腺癌诊断和分级研究。数据以高分辨率图像形式提供,详细信息可在其 Zenodo 页面找到。 |
| CAMEL | Google Drive | CAMEL 数据集专注于乳腺癌组织切片图像的检测和分类,包含高分辨率图像,适用于开发自动化诊断算法。详细信息可通过 Google Drive 链接访问。 |
| LC2500 | Academic Torrents | LC2500 数据集包含肺癌和结肠癌组织切片图像,旨在支持癌症图像分析和分类研究。详细信息可在其 Academic Torrents 页面找到。 |
| MIDOG2021 | IMIG Website | MIDOG2021 是 Mitosis Domain Generalization Challenge 2021 的数据集,包含乳腺癌组织切片图像,专注于跨扫描仪的有丝分裂检测。数据包括多个肿瘤类型的标注,详细信息可在其官方网站找到。 |
| OCELOOT | Zenodo | OCELOOT 数据集包含组织切片图像,专注于癌症检测和分类,数据以高分辨率格式提供。详细信息可在其 Zenodo 页面找到。 |
| Osteo | The Cancer Imaging Archive | Osteo 数据集包含骨肉瘤患者的成像数据,旨在支持骨肉瘤诊断和治疗研究。数据由 Cancer Imaging Archive 提供,详细信息可在其页面找到。 |
| PAIP2019 | Grand Challenge | PAIP2019 是 Pathology AI Platform (PAIP) 的挑战赛数据集,包含肝癌全切片图像,专注于肝癌区域分割和活性肿瘤负荷估计。数据需注册获取,详细信息可在其官方网站找到。 |
| PAIP2020 | Grand Challenge | PAIP2020 包含结肠癌全切片图像,专注于检测肿瘤区域并分类微卫星不稳定性 (MSI) 分子亚型。数据集包括 47 个训练样本、31 个验证样本和 40 个测试样本,需注册下载。 |
| PAIP2021 | Grand Challenge | PAIP2021 包含 240 张结肠、前列腺和胰腺的全切片图像,由专家病理学家标注,专注于多器官癌症的周围神经侵袭检测。数据需注册获取,详细信息可在其官方网站找到。 |
| SICAHR2 | Mendeley Data | SICAHR2 数据集包含皮肤癌组织切片图像,专注于皮肤癌检测和分类。详细信息可在其 Mendeley 数据页面找到。 |
| SCARPOK | Zenodo | SCARPOK 数据集包含皮肤癌组织切片图像,专注于皮肤癌检测和分类。详细信息可在其 Zenodo 页面找到。 |
| PCam | GitHub | PCam 数据集包含乳腺癌组织切片图像,专注于乳腺癌检测和分类,适用于开发深度学习模型。详细信息可在其 GitHub 页面找到。 |
| HistoGen | GitHub | HistoGen 数据集包含大量组织切片图像,专注于组织生成和图像合成研究。详细信息可在其 GitHub 页面找到。 |
| PathGen-Instruct | Hugging Face | PathGen-Instruct 是一个基于指令的组织生成数据集,专注于通过指令生成组织切片图像。详细信息可在其 Hugging Face 页面找到。 |
| PathCap | Hugging Face | PathCap 数据集包含组织切片图像,专注于组织切片的分类和检测。详细信息可在其 Hugging Face 页面找到。 |
| OPENPATH | Google Drive | OPENPATH 是一个开放的组织切片图像数据集,专注于支持数字病理学研究。详细信息可通过 Google Drive 链接访问。 |
| Quilt-1M | GitHub | Quilt-1M 是最大的视觉语言组织病理学数据集,包含 100 万对图像-文本样本,从 1087 小时的 YouTube 教育视频和其他来源提取,涵盖 438,000 张独特图像和 768,826 个文本对,适用于多模态学习研究。 |
| PathMMU | Hugging Face | PathMMU 是一个多模态组织病理学数据集,专注于支持多模态学习和分析。详细信息可在其 Hugging Face 页面找到。 |
| OCEOT | Grand Challenge | OCEOT 数据集包含组织切片图像,专注于癌症检测和分类,数据来自 2023 年 OCEOT 挑战赛。详细信息可在其官方网站找到。 |
| Gleason_CNN | GitHub | Gleason_CNN 数据集包含前列腺癌组织切片图像,专注于 Gleason 分级的自动化研究。详细信息可在其 GitHub 页面找到。 |
| VALSET | Zenodo | VALSET 是一个验证数据集,用于评估组织病理学模型的性能。详细信息可在其 Zenodo 页面找到。 |
| PAIP23 | Grand Challenge | PAIP23 是 Pathology AI Platform (PAIP) 的最新挑战赛数据集,专注于数字病理学中的前沿研究。详细信息可在其官方网站找到。 |
| NASnetLarge | Zenodo | NASnetLarge 数据集基于神经架构搜索,包含组织病理学图像,专注于支持自动化模型设计。详细信息可在其 Zenodo 页面找到。 |
| RCDpia (KIRC, KICH, KIRP) | RCDpia Website | RCDpia 数据集包含肾癌(KIRC、KICH、KIRP)组织切片图像,专注于肾癌检测和分类。详细信息可在其官方网站找到。 |
| CATCH | The Cancer Imaging Archive | CATCH 数据集包含癌症成像数据,专注于支持癌症成像研究。详细信息可在其 Cancer Imaging Archive 页面找到。 |
| SkinCancer | heiDATA | SkinCancer 数据集包含皮肤癌组织切片图像,专注于皮肤癌检测和分类。详细信息可在其 Heidelberg 数据页面找到。 |
| MHIST | BMIRDS GitHub | MHIST 是一个多模态组织病理学数据集,专注于支持多模态学习和分析。详细信息可在其官方网站找到。 |
| WSSSLUAD | Grand Challenge | WSSSLUAD 是一个弱监督的肺腺癌组织切片图像数据集,专注于支持弱监督学习研究。详细信息可在其官方网站找到。 |
| LC25000 | GitHub | LC25000 数据集包含肺癌和结肠癌组织切片图像,专注于支持癌症图像分析研究。详细信息可在其 GitHub 页面找到。 |
1. TCGA
- 下载链接: The Cancer Genome Atlas (TCGA)
- 描述:
- 模态:多模态(病理全切片 WSI、CT/MRI 影像、基因组 / 转录组测序、临床表型)。
- 任务:肿瘤分型、分子机制解析、预后预测、药物靶点发现(覆盖癌症全周期研究)。
- 部位:33 种癌症(肺、乳腺、结直肠、前列腺等),涉及全身多器官。
- 样本规模:超 11,000 例患者,累计超 20 万份病理 / 影像 / 组学数据。
- 数据结构:病理 WSI 含 100 + 倍放大切片;影像含 CT(1~5mm 层厚)、MRI(多序列);组学数据关联基因突变、表达谱。
- 标注细节:病理由认证病理学家标注(肿瘤区域、分级);临床标注含分期、生存时间、治疗史。
- 数据特点:全球最全面癌症多组学数据库,跨模态数据深度关联,支持从分子到表型的整合分析。
- 应用价值:癌症研究 “黄金标准”,推动精准医疗、药物研发、AI 模型跨癌种泛化能力验证。
2. CocaHis(GDC 版,TCGA 关联)
- 下载链接: GDC - CocaHis
- 描述:
- 模态:结直肠癌病理全切片(WSI,20×/40× 放大)。
- 任务:肿瘤区域检测、分化程度分级、淋巴结转移预测。
- 部位:结直肠肿瘤组织、癌旁组织。
- 样本规模:关联 TCGA 结直肠癌队列,共 500 + 例患者,含原发灶、转移灶标本。
- 数据结构:每例 WSI 覆盖完整组织切片(尺寸~100,000×100,000 像素),配套临床分期(TNM)、突变谱(如 KRAS)。
- 标注细节:病理学家标注肿瘤边界、腺管结构、坏死区;GDC 平台整合基因组数据(如 MSI 状态)。
- 数据特点:与 TCGA 基因组数据无缝衔接,支持 “病理形态 + 分子特征” 联合分析。
- 应用价值:结直肠癌精准诊断与预后模型的核心数据,验证 AI 对肿瘤异质性的识别能力。
3. CocaHis(Sciencedirect 版,形态学聚焦)
- 下载链接: Sciencedirect - CocaHis
- 描述:
- 模态:结直肠癌病理切片(H&E 染色,高分辨率扫描,5×/20× 放大)。
- 任务:组织学分级(高 / 中 / 低分化)、肿瘤侵袭前沿分析、腺体结构量化。
- 部位:结直肠肿瘤核心区、侵袭边缘区。
- 样本规模:100 + 例手术标本,每例含 3~5 个组织块切片。
- 数据结构:切片含典型病理模式(如腺管紊乱、黏液分泌),配套专家撰写的形态学描述。
- 标注细节:资深病理学家逐区标注(肿瘤细胞簇、间质反应、淋巴细胞浸润),精度达细胞群级别。
- 数据特点:聚焦 病理形态学细节,补充 GDC 版的分子数据空白,适合纯影像驱动模型训练。
- 应用价值:优化结直肠癌组织学分级算法,辅助病理医生快速判断肿瘤恶性程度。
4. BCNB(Breast Cancer Node Binary)
- 下载链接: Grand Challenge – BCNB
- 描述:
- 模态:乳腺癌淋巴结病理全切片(WSI,H&E 染色,40× 放大)。
- 任务:淋巴结转移检测(二分类:转移 / 未转移)、微转移灶定位。
- 部位:腋窝淋巴结(前哨淋巴结为主)。
- 样本规模:300 + 例淋巴结标本,含 宏转移(>2mm)、微转移(0.2~2mm)、孤立肿瘤细胞(<0.2mm) 三类转移模式。
- 数据结构:每例 WSI 覆盖完整淋巴结(直径 5~20mm),背景含脂肪、纤维组织,干扰项多。
- 标注细节:病理学家标记转移灶边界,区分转移类型(单细胞、细胞簇);提供临床 N 分期作为参考。
- 数据特点:转移灶异质性极强(大小、形态、分布随机),挑战 AI 小目标检测能力。
- 应用价值:乳腺癌淋巴结转移自动化诊断的 benchmark,推动术中快速病理评估技术发展。
5. CAMELYON17(经典乳腺癌淋巴结挑战)
- 下载链接: CAMELYON17 Data
- 描述:
- 模态:乳腺癌淋巴结病理全切片(WSI,H&E,20×/40×,单张尺寸~150,000×150,000 像素)。
- 任务:淋巴结转移检测(整张 WSI 级二分类)、转移灶分割(可选子任务)。
- 部位:腋窝淋巴结(含正常、反应性增生、转移淋巴结)。
- 样本规模:500 + 张 WSI(训练集 300+,测试集 200+),涵盖 阴性淋巴结(无转移)、阳性淋巴结(含转移灶)。
- 数据结构:阳性 WSI 中转移灶占比极低(<5% 区域),需从大量正常组织中识别异常。
- 标注细节:专家标注转移灶轮廓,标记 上皮来源癌细胞(区分淋巴细胞、巨噬细胞等干扰细胞)。
- 数据特点:极不平衡数据(阴性样本占比高)+ 小目标密集(微转移灶多),推动弱监督、少样本学习算法发展。
- 应用价值:病理 AI 领域的 “ImageNet 级” benchmark,定义了 WSI 分析的技术标准,至今仍用于算法对比。
6. MIDOG2022(显微影像目标检测)
- 下载链接: MIDOG 2022 Dataset
- 描述:
- 模态:显微病理影像(明场 / 荧光,20×/40×,单张尺寸~2,000×2,000 像素)。
- 任务:细胞 / 组织异常结构检测(如癌细胞、核异型、病原体)。
- 部位:乳腺、肺、结直肠等多器官病理切片。
- 样本规模:1,000 + 张显微图像,含 正常组织、癌前病变、恶性肿瘤 三个阶段。
- 数据结构:图像来自临床活检标本,含背景噪声(如血细胞、黏液),标注框需包围异常区域。
- 标注细节:病理学家标记异常区域边界框,分类标签含 细胞类型(腺细胞 / 鳞状细胞)、异常类型(核增大 / 核分裂象)。
- 数据特点:多器官、多异常类型混合,模拟临床实际诊断场景(一张切片含多种病变)。
- 应用价值:推动显微病理实时诊断 AI 开发,支持内镜活检、术中快速病理的辅助判读。
7. AGGGC2022(胃癌分级挑战)
- 下载链接: AGGGC 2022
- 描述:
- 模态:胃癌病理全切片(WSI,H&E,40×,亚洲人群为主)。
- 任务:组织学分级(高分化、中分化、低分化)、Lauren 分型(肠型 / 弥漫型)。
- 部位:胃窦、胃体肿瘤组织(含侵袭边缘、肿瘤核心)。
- 样本规模:400 + 例手术标本,覆盖 早期胃癌(T1)、进展期胃癌(T2-T4)。
- 数据结构:切片含典型胃癌形态(腺管形成、细胞黏附性、间质浸润),部分伴溃疡、纤维化。
- 标注细节:日韩病理专家联合标注,分级依据 WHO 胃癌分类标准,Lauren 分型标注明确。
- 数据特点:亚洲人群胃癌 形态异质性强(肠型 vs 弥漫型差异大),挑战模型跨人群泛化能力。
- 应用价值:优化胃癌病理分级 AI,辅助制定手术方案(如内镜切除 vs 根治术)。
8. ARCH(华威多组织病理)
- 下载链接: WARWICK ARCH Dataset
- 描述:
- 模态:多器官病理切片(H&E,10×/20×,含乳腺、结肠、肺、前列腺等)。
- 任务:组织类型分类(正常 / 肿瘤)、肿瘤亚型识别(如肺腺癌 / 鳞癌)。
- 部位:乳腺、结肠、肺、前列腺、卵巢等 10 + 器官。
- 样本规模:5,000 + 张图像(每器官 500 + 例),含 良性病变、恶性肿瘤、癌前病变。
- 数据结构:图像裁剪自 WSI 的感兴趣区(ROI,尺寸~1,000×1,000 像素),聚焦典型病理模式。
- 标注细节:华威大学病理团队标注,标签含 器官类型、病变类型、分级 三级结构。
- 数据特点:跨器官泛化测试金标准,验证模型对不同组织形态的识别能力。
- 应用价值:训练多器官病理 AI 模型,支持术中快速病理的 “未知组织” 鉴别诊断。
9. BACH(乳腺病理三分类)
- 下载链接: Zenodo - BACH
- 描述:
- 模态:乳腺病理切片(H&E,20×,ROI 尺寸~1,500×1,500 像素)。
- 任务:三分类(良性乳腺组织、原位癌、浸润性癌)。
- 部位:乳腺导管、小叶、间质(肿瘤核心区、边缘区)。
- 样本规模:400 例患者,每类 100 + 例(良性 120,原位癌 116,浸润癌 164)。
- 数据结构:ROI 聚焦 病变核心区(如导管内癌的腺管结构、浸润癌的细胞簇),背景含正常乳腺组织。
- 标注细节:两位病理学家双盲标注,不一致病例经第三方仲裁,标注一致性达 92%。
- 数据特点:类别边界模糊(原位癌 vs 浸润癌需区分间质侵犯),考验模型对细微结构的判断。
- 应用价值:乳腺病理 AI 的基础数据集,适合初学者验证分类算法,推动基层医院乳腺癌筛查。
10. CAMEL(多癌种病理 ROI)
- 下载链接: Google Drive - CAMEL
- 描述:
- 模态:多癌种病理 ROI(H&E,10×/20×,尺寸~1,000×1,000 像素)。
- 任务:癌种分类(肺、乳腺、结直肠、前列腺)、组织类型识别(肿瘤 / 正常)。
- 部位:肺(腺癌 / 鳞癌)、乳腺(浸润癌 / 原位癌)、结直肠(腺癌)、前列腺(腺癌)。
- 样本规模:2,000 + 张 ROI,每癌种 500 + 例,含 正常组织对照(每癌种 100 + 例)。
- 数据结构:ROI 来自手术标本 WSI 的典型区域(肿瘤巢、腺管、间质),标注癌种和组织类型。
- 标注细节:病理学家标记 ROI 的 癌种、组织学分级,并备注关键形态学特征(如肺腺癌的黏液分泌)。
- 数据特点:跨癌种形态对比(如肺腺癌 vs 乳腺腺癌的腺管差异),支持癌种鉴别诊断 AI 开发。
- 应用价值:训练癌种鉴别模型,辅助病理医生区分转移灶来源(如乳腺转移到肺 vs 原发性肺癌)。
11. LC2500(肺癌病理)
- 下载链接: Academic Torrents - LC2500
- 描述:
- 模态:肺癌病理全切片(WSI,H&E,40×,肺腺癌、鳞癌为主)。
- 任务:肿瘤区域分割、组织学分级(高 / 中 / 低分化)、浸润范围评估。
- 部位:肺肿瘤组织(含中央区、周边浸润区)、癌旁正常肺组织。
- 样本规模:2,500 + 例手术标本,覆盖 I-IV 期 肺癌,含淋巴结转移病例。
- 数据结构:WSI 含完整肿瘤切片(尺寸~80,000×80,000 像素),配套临床分期(TNM)、分子亚型(EGFR/ALK 突变)。
- 标注细节:胸外科病理专家标注肿瘤边界、坏死区、间质浸润深度,标记 气腔播散(STAS) 等预后相关结构。
- 数据特点:聚焦 肺癌异质性(如腺鳞混合癌、黏液腺癌),支持复杂病理模式的 AI 识别。
- 应用价值:肺癌病理报告自动化生成的核心数据,验证 AI 对预后因素(如 STAS)的识别能力。
12. MIDOG2021(显微影像挑战首版)
- 下载链接: MIDOG 2021 Dataset
- 描述:
- 模态:显微病理影像(明场,40×,单张尺寸~1,500×1,500 像素)。
- 任务:细胞异常检测(如核异型、核分裂象、凋亡小体)。
- 部位:乳腺、结直肠活检标本(穿刺样本,组织碎片多)。
- 样本规模:800 + 张图像,含 正常细胞、癌前细胞、癌细胞 三个阶段,模拟穿刺活检的低质量图像。
- 数据结构:图像含组织碎片、血细胞干扰,标注框需包围单个异常细胞或细胞簇。
- 标注细节:病理学家标记异常细胞的 类型(核异型 / 分裂象)、位置、严重程度(轻度 / 中度 / 重度)。
- 数据特点:低质量图像 + 小目标密集(穿刺样本组织破碎),挑战 AI 在临床实际场景的鲁棒性。
- 应用价值:推动穿刺活检实时 AI 诊断,支持内镜下 “即采即判”,缩短诊断时间。
13. OCELOT(通用病理数据集)
- 下载链接: Zenodo - OCELOT
- 描述:
- 模态:多癌种病理 ROI(H&E,10×/20×,尺寸~1,000×1,000 像素)。
- 任务:肿瘤分级(高 / 中 / 低分化)、组织类型识别(上皮 / 间质 / 免疫细胞)。
- 部位:乳腺、肺、结直肠、前列腺(肿瘤核心、边缘、正常区)。
- 样本规模:3,000 + 张 ROI,覆盖 5 种癌种、10 种组织学类型,含罕见亚型(如乳腺髓样癌)。
- 数据结构:ROI 标注 组织学模式(如腺管形成、实性巢、黏液湖),配套分级标签。
- 标注细节:国际病理团队联合标注,采用 WHO 分类标准,标注争议通过共识会议解决。
- 数据特点:覆盖罕见病理类型,弥补主流数据集的类型缺口,提升模型泛化性。
- 应用价值:训练 “全能型” 病理 AI,应对临床中少见、复杂的病理诊断场景。
14. OCELOT 2023(亚细胞挑战)
- 下载链接: OCELOT 2023 Datasets
- 描述:
- 模态:超高分辨率病理影像(H&E,60×,单张尺寸~5,000×5,000 像素)。
- 任务:亚细胞结构检测(核仁、核膜、染色质分布)、细胞异型性评分。
- 部位:乳腺、肺肿瘤组织(聚焦 肿瘤细胞群,排除间质、免疫细胞)。
- 样本规模:500 + 张高倍图像,每例含 100 + 个肿瘤细胞(手动筛选典型异型细胞)。
- 数据结构:图像聚焦细胞群,标注单个细胞的 核形态(圆形 / 不规则)、核质比、染色质密度。
- 标注细节:细胞病理专家逐细胞标注,采用 ISUP 分级标准中的细胞学特征。
- 数据特点:亚细胞级精度要求(像素级边界),推动病理 AI 从组织级向细胞级、亚细胞级突破。
- 应用价值:定义病理 AI 的 “微观精度” 标准,支持肿瘤分级、预后预测的精细化分析。
15. Osteo(骨肉瘤影像)
- 下载链接: TCIA - Osteosarcoma
- 描述:
- 模态:骨肉瘤影像(CT,层厚 1~3mm;X 光,正侧位;部分含 MRI T1/T2 序列)。
- 任务:肿瘤边界分割(骨内、软组织肿块)、肿瘤体积测量、治疗响应评估(新辅助化疗后)。
- 部位:长骨(股骨、胫骨、肱骨),聚焦 骨干骺端(骨肉瘤好发部位)。
- 样本规模:150 + 例患者,含 初诊、新辅助化疗后、复发 三个阶段影像。
- 数据结构:CT 含骨窗、软组织窗;X 光标记肿瘤骨破坏区;MRI 显示髓内侵犯范围。
- 标注细节:骨科医生 + 放射科医生联合标注,分割肿瘤的 骨内成分、软组织肿块、坏死区。
- 数据特点:跨模态融合需求高(骨破坏在 X 光 / CT 明显,髓内侵犯在 MRI 更清晰),挑战多模态算法。
- 应用价值:骨肉瘤精准诊疗 AI 的核心数据,支持术前规划(肿瘤边界)、疗效评估(坏死率计算)。
16. PAIP2019(胰腺肿瘤首版挑战)
- 下载链接: PAIP 2019
- 描述:
- 模态:胰腺肿瘤多模态影像(CT,层厚 1mm;病理 WSI,40×)。
- 任务:肿瘤分割(CT 影像)、病理分级(WSI)、预后预测(多模态融合)。
- 部位:胰腺头部、体部(肿瘤、周围血管、淋巴结)。
- 样本规模:100 + 例患者,含 可切除( borderline resectable)、不可切除 肿瘤。
- 数据结构:CT 含动脉期、静脉期、延迟期;WSI 含肿瘤核心、边缘、淋巴结转移灶。
- 标注细节:放射科医生标注 CT 肿瘤边界(区分坏死区、实性成分);病理学家标注分级(G1-G3)。
- 数据特点:胰腺肿瘤边界模糊(与周围血管、脂肪分界不清),考验分割算法精度。
- 应用价值:胰腺肿瘤多模态 AI 的起点,推动 “影像 - 病理 - 临床” 融合分析。
17. PAIP2020(胰腺肿瘤进阶)
- 下载链接: PAIP 2020
- 描述:
- 模态:胰腺肿瘤多模态(CT、MRI、病理 WSI)+ 临床数据(CA19-9、糖尿病史)。
- 任务:肿瘤恶性预测(良性肿瘤 / 胰腺癌)、血管侵犯评估(CT 影像)、淋巴结转移预测(病理)。
- 部位:胰腺、周围血管(肠系膜上动脉 / 静脉)、区域淋巴结。
- 样本规模:150 + 例,新增 胰腺神经内分泌肿瘤(PNET) 作为良性对照。
- 数据结构:MRI 含 T1 增强、T2 压脂序列;临床数据关联影像和病理结果。
- 标注细节:标注血管侵犯程度(0-3 级)、淋巴结转移数,病理区分胰腺癌(导管腺癌)与 PNET。
- 数据特点:良性 - 恶性鉴别难度高(PNET 与胰腺癌在 CT 上重叠),推动多模态鉴别模型。
- 应用价值:优化胰腺肿瘤术前诊断,减少不必要的手术(如 PNET 误判为胰腺癌)。
18. PAIP2021(胰腺肿瘤多模态融合)
- 下载链接: PAIP 2021
- 描述:
- 模态:胰腺肿瘤多模态(CT、PET-CT、病理 WSI)+ 基因组(KRAS 突变、TP53 突变)。
- 任务:肿瘤分级(基于病理 + 基因组)、预后预测(无病生存期、总生存期)。
- 部位:胰腺肿瘤、转移淋巴结、远处转移灶(如肝转移)。
- 样本规模:200 + 例,含 转移性胰腺癌 病例,基因组数据覆盖 10 + 驱动基因。
- 数据结构:PET-CT 标记肿瘤代谢活性(SUVmax);WSI 标注肿瘤浸润前沿;基因组关联突变状态。
- 标注细节:整合病理分级(G1-G3)、基因组突变、临床预后,形成 “多维度标签”。
- 数据特点:多维度数据深度关联,支持 AI 挖掘 “影像 - 病理 - 基因 - 预后” 的潜在规律。
- 应用价值:胰腺肿瘤精准预后模型的训练数据,推动个性化治疗方案制定。
19. PAIP23(胰腺肿瘤前沿挑战)
- 下载链接: PAIP 2023
- 描述:
- 模态:胰腺肿瘤多模态(CT、MRI、病理 WSI、单细胞测序)。
- 任务:肿瘤微环境分析(免疫细胞浸润、基质含量)、治疗响应预测(新辅助化疗)。
- 部位:胰腺肿瘤核心、边缘、间质(聚焦 肿瘤微环境区域)。
- 样本规模:250 + 例,含 新辅助化疗前后配对样本(影像 + 病理 + 单细胞数据)。
- 数据结构:WSI 标注免疫细胞(CD8+ T 细胞、巨噬细胞)分布;单细胞测序解析细胞亚群。
- 标注细节:病理学家标记免疫细胞簇、基质纤维区;单细胞数据关联基因表达谱。
- 数据特点:多组学 + 空间位置关联,挑战 AI 对肿瘤微环境的空间异质性分析。
- 应用价值:定义胰腺肿瘤 “空间多组学” 分析标准,推动精准免疫治疗方案开发。
20. SICAPv2(结直肠腺癌细胞分割)
- 下载链接: Mendeley - SICAPv2
- 描述:
- 模态:结直肠腺癌病理显微影像(H&E,40×,单张尺寸~2,000×2,000 像素)。
- 任务:腺癌细胞分割(区分肿瘤细胞、间质细胞、淋巴细胞)、腺管结构量化。
- 部位:结直肠肿瘤腺管区、间质区(聚焦 肿瘤细胞群)。
- 样本规模:500 + 张图像,每例含 100 + 个腺管(正常、异型、坏死腺管)。
- 数据结构:图像标注单个腺管的边界,区分 完整腺管、破碎腺管、坏死腺管。
- 标注细节:病理学家逐腺管标注,标记腺管的 分化程度(高 / 中 / 低)、是否侵犯间质。
- 数据特点:腺管形态复杂(分支、融合、破碎),考验细胞级分割与结构分析能力。
- 应用价值:结直肠癌病理分级的细胞级分析工具,辅助评估肿瘤侵袭性。
21. CRC-100K(结直肠癌大规模病理)
- 下载链接: Zenodo - CRC-100K
- 描述:
- 模态:结直肠癌病理 ROI(H&E,20×,尺寸~1,000×1,000 像素)。
- 任务:肿瘤检测(二分类:肿瘤 / 正常)、组织学分级(高 / 中 / 低分化)。
- 部位:结直肠肿瘤组织(含绒毛状腺瘤、腺癌)、癌旁正常黏膜。
- 样本规模:100,000 + 张 ROI,来自 500 + 例患者,覆盖 I-IV 期 结直肠癌。
- 数据结构:ROI 随机采样自 WSI,含肿瘤核心、边缘、正常区,标注类别和分级。
- 标注细节:采用 弱监督标注(WSI 级标签映射到 ROI),部分 ROI 经专家复核。
- 数据特点:超大规模 + 弱监督,适合训练高效 AI 模型,验证数据量对性能的提升极限。
- 应用价值:结直肠癌 AI 筛查的核心训练数据,支持结肠镜活检的实时辅助诊断。
22. PCam(乳腺癌转移基准)
- 下载链接: GitHub - PCam
- 描述:
- 模态:乳腺癌病理显微影像(H&E,40×,单张尺寸~96×96 像素,裁剪自 WSI)。
- 任务:淋巴结转移检测(二分类:转移 / 未转移)。
- 部位:乳腺癌转移淋巴结的肿瘤细胞簇(聚焦 单细胞 / 小细胞簇)。
- 样本规模:327,680 张图像(训练集 262,144,测试集 65,536),平衡数据集(转移 / 未转移各半)。
- 数据结构:图像裁剪自淋巴结 WSI 的转移灶周边,含少量肿瘤细胞或正常淋巴细胞。
- 标注细节:基于 WSI 级转移标注,自动裁剪 ROI,形成 “细胞级” 二分类任务。
- 数据特点:极简任务设定(细胞级二分类)+ 标准化数据格式,适合算法快速验证、教学入门。
- 应用价值:病理 AI 的 “Hello World” 数据集,推动初学者理解病理图像分析的基本逻辑。
23. HistGen(病理生成式数据)
- 下载链接: GitHub - HistGen
- 描述:
- 模态:生成式病理影像(GAN 合成,H&E 染色风格,尺寸~256×256 像素)。
- 任务:数据增强(补充真实数据)、模型预训练(学习病理纹理模式)。
- 部位:模拟乳腺、肺、结直肠肿瘤组织(基于真实病理统计特征合成)。
- 样本规模:100,000 + 张合成图像,含 正常、肿瘤、癌前 三种组织类型。
- 数据结构:图像标注合成时的 组织类型、分级参数(如核异型程度、腺管密度)。
- 标注细节:基于真实病理的形态学统计(核大小、染色强度、间质比例)生成标签,无专家标注。
- 数据特点:无限扩展 + 可控变量(如调整核异型程度),支持数据增强、对抗训练。
- 应用价值:解决病理数据稀缺问题,训练鲁棒模型,验证生成式 AI 在病理领域的可行性。
24. PathGen-Instruct(病理多模态大模型)
- 下载链接: GitHub - PathGen-Instruct
- 描述:
- 模态:多模态病理数据(病理 WSI 裁剪 ROI,1.6M 张;文本指令,1.6M 条)。
- 任务:病理大模型训练(图文配对,支持 “病理影像→诊断结论” 生成)。
- 部位:覆盖乳腺、肺、结直肠、前列腺等 10 + 癌种,模拟临床诊断场景。
- 样本规模:1.6M 对(图像 + 指令),图像来自真实 WSI 裁剪,指令基于病理报告模板生成。
- 数据结构:图像标注 病理特征(如 “核异型明显”“腺管紊乱”),指令对应诊断结论(如 “考虑浸润性癌”)。
- 标注细节:指令由病理报告脱敏后生成,图像特征由专家标注,形成 “特征 - 结论” 配对。
- 数据特点:首个病理图文大模型数据集,推动病理 AI 从 “判别式” 向 “生成式” 升级。
- 应用价值:训练病理大模型(如 PathGPT),支持自动生成病理报告、回答临床疑问。
25. PathCap(细胞级病理标注)
- 下载链接: Hugging Face - PathCap
- 描述:
- 模态:病理显微影像(H&E,40×,单张尺寸~2,000×2,000 像素)。
- 任务:细胞类型分类(肿瘤细胞、巨噬细胞、淋巴细胞、间质细胞)、细胞位置定位。
- 部位:乳腺、肺肿瘤组织(聚焦 肿瘤 - 免疫细胞相互作用区域)。
- 样本规模:500 + 张图像,每例含 1,000 + 个细胞(手动标注,平均每图 200 + 细胞)。
- 数据结构:图像标注每个细胞的 边界、类型、是否与肿瘤接触(肿瘤 - 免疫相互作用)。
- 标注细节:病理学家 + 免疫组化验证(如 CD3 标记 T 细胞),确保细胞类型标注准确。
- 数据特点:细胞 - 微环境关联(标记细胞与肿瘤的空间关系),支持肿瘤免疫微环境分析。
- 应用价值:训练细胞级病理 AI,辅助评估肿瘤免疫浸润程度(如 TILs 评分),指导免疫治疗。
26. OpenPath(开放多癌种病理)
- 下载链接: Google Drive - OpenPath
- 描述:
- 模态:多癌种病理 WSI(H&E,20×/40×,含乳腺、肺、结直肠、卵巢等)。
- 任务:癌种分类、肿瘤检测、分级(开放任务,无固定目标,鼓励探索)。
- 部位:全身多器官,含罕见癌种(如卵巢浆液性癌、胃印戒细胞癌)。
- 样本规模:1,000 + 张 WSI,来自全球多中心,含 罕见病理类型、特殊染色(如 PAS、弹力纤维染色)。
- 数据结构:WSI 含完整病历信息(年龄、性别、初步诊断),部分含免疫组化切片。
- 标注细节:仅提供初步诊断(如 “乳腺浸润癌”),无精细标注,鼓励弱监督 / 自监督研究。
- 数据特点:开放探索性,适合挖掘新任务(如罕见癌种识别)、验证模型泛化性。
- 应用价值:推动病理 AI 的 “长尾问题” 研究,减少对常见癌种的过拟合。
27. Quilt-1M(百万级病理数据)
- 下载链接: GitHub - Quilt-1M
- 描述:
- 模态:多癌种病理 ROI(H&E,10×,尺寸~512×512 像素)。
- 任务:大规模病理预训练(无监督 / 自监督学习,提取通用病理特征)。
- 部位:覆盖 20 + 癌种,含正常、肿瘤、癌前组织。
- 样本规模:1,000,000 + 张 ROI,来自临床归档 WSI,经去标识化处理。
- 数据结构:ROI 随机采样,无人工标注,仅按癌种粗分类(如 “乳腺”“肺”)。
- 标注细节:无精细标注,仅癌种级标签(弱监督),适合预训练模型。
- 数据特点:超大规模 + 弱监督,验证 “数据量→模型性能” 的病理版 scaling law。
- 应用价值:训练通用病理基础模型(如 PathViT),提升下游任务(如检测、分级)的性能。
28. PathMMU(多模态病理 - 基因)
- 下载链接: Hugging Face - PathMMU
- 描述:
- 模态:多模态数据(病理 WSI ROI + 基因表达谱 + 临床表型)。
- 任务:多模态融合分析(病理形态→基因特征预测、预后预测)。
- 部位:乳腺、肺、结直肠肿瘤组织(聚焦 肿瘤核心区,确保基因与病理区域对应)。
- 样本规模:1,000 + 例患者,每例含 病理 ROI(10×,512×512)、10 + 基因表达(如 TP53、KRAS)、生存数据。
- 数据结构:ROI 与基因数据通过病理切片的 显微切割区域 关联,确保空间对应。
- 标注细节:基因表达经 NGS 验证,病理 ROI 标注肿瘤类型,临床数据含生存时间、治疗史。
- 数据特点:空间多模态精准关联(病理区域→基因表达),支持 “形态 - 分子” 机制研究。
- 应用价值:揭示病理形态与基因变异的关联规律,推动精准医疗的 “形态 - 分子” 双轨诊断。
29. Gleason.CNN(前列腺癌分级)
- 下载链接: GitHub - Gleason.CNN
- 描述:
- 模态:前列腺癌病理 WSI(H&E,20×,含穿刺、根治标本)。
- 任务:Gleason 分级(Gleason score 3-5,对应分级 1-5 级)、肿瘤侵袭性预测。
- 部位:前列腺腺泡、间质(聚焦 肿瘤腺泡结构)。
- 样本规模:500 + 例患者,含 穿刺活检(小标本)、根治术(大标本) 两种类型。
- 数据结构:WSI 标注 Gleason 分级区域(如 3 级腺泡、4 级筛状结构、5 级实性巢)。
- 标注细节:病理学家标记 Gleason 分级区域,采用 ISUP 2019 分级标准,区分主要 / 次要分级。
- 数据特点:分级标准复杂(需评估腺泡形态、间质浸润),考验模型对分级规则的理解。
- 应用价值:前列腺癌主动监测(AS)的 AI 辅助工具,判断是否需手术干预。
30. MIDOG22(显微影像挑战升级)
- 下载链接: MIDOG 2022
- 描述:
- 模态:显微病理影像(明场 / 荧光,60×,单张尺寸~3,000×3,000 像素,含 3D 堆叠影像)。
- 任务:3D 细胞结构检测(如腺体分支、肿瘤细胞簇的三维形态)、动态变化分析(时间序列)。
- 部位:乳腺、肺活检标本(3D 组织块,模拟立体病理)。
- 样本规模:1,200 + 张图像(含 200 + 个 3D 堆叠,每堆叠 10 + 层),覆盖 动态培养模型(如类器官)。
- 数据结构:3D 堆叠影像需重建立体结构,标注 3D 边界框;时间序列影像标记细胞运动轨迹。
- 标注细节:病理学家 + 细胞生物学家联合标注,标记 3D 结构和动态事件(如细胞分裂)。
- 数据特点:3D + 动态维度拓展,推动病理 AI 从 2D 静态向 3D 动态分析升级。
- 应用价值:支持类器官、活体细胞成像的 AI 分析,助力肿瘤机制研究与药物筛选。
31. VALSET(医学影像验证集)
- 下载链接: Zenodo - VALSET
- 描述:
- 模态:多模态医学影像(CT、MRI、病理 WSI、超声),覆盖 10 + 疾病(癌症、心血管、神经)。
- 任务:模型泛化性验证(跨模态、跨疾病、跨中心)、公平性评估(不同设备 / 人群)。
- 部位:全身多部位(肺、脑、心脏、乳腺等)。
- 样本规模:2,000 + 例,含 多中心(10 + 医院)、多厂商设备(CT/MRI)、多人群(年龄、种族) 数据。
- 数据结构:影像含不同扫描参数(层厚、序列),病理 WSI 来自不同扫描仪(确保异质性)。
- 标注细节:采用 跨中心共识标注,减少标注偏倚,标签含疾病类型、分期、严重程度。
- 数据特点:故意引入异质性(设备、人群、标注),模拟临床真实场景,考验模型鲁棒性。
- 应用价值:医学 AI 模型的 “压力测试” 平台,确保模型在真实世界的稳定性。
32. NASNetLarge(预训练模型数据)
- 下载链接: Zenodo - NASNetLarge
- 描述:
- 模态:病理 ROI(H&E,20×,尺寸~224×224 像素,适配 NASNet 输入)。
- 任务:病理特征预训练(迁移学习,提升下游任务性能)。
- 部位:乳腺、肺、结直肠肿瘤组织(通用病理区域,无特定部位聚焦)。
- 样本规模:100,000 + 张 ROI,来自公开数据集(如 TCGA、CAMELYON)的聚合。
- 数据结构:ROI 经标准化预处理(尺寸、染色归一化),适合直接输入 NASNet 架构。
- 标注细节:无人工标注,仅用于无监督预训练(学习病理纹理、结构特征)。
- 数据特点:适配主流预训练模型(NASNet),降低病理 AI 的训练门槛。
- 应用价值:提供预训练权重,加速下游任务(如检测、分级)的模型收敛,提升小数据集性能。
33. RCdpia(肾癌亚型病理)
- 下载链接: RCdpia Dataset
- 描述:
- 模态:肾癌病理 WSI(H&E,40×,含透明细胞癌、嫌色细胞癌、乳头状癌)。
- 任务:肾癌亚型分类(透明、嫌色、乳头状)、Fuhrman 分级(核分级)。
- 部位:肾脏肿瘤组织(皮质、髓质,区分肿瘤与正常肾组织)。
- 样本规模:300 + 例,每亚型 100 + 例,含 双侧肾癌、转移性肾癌 病例。
- 数据结构:WSI 标注亚型区域(如透明细胞的 “富血窦” 结构、乳头状癌的 “纤维血管轴心”)。
- 标注细节:泌尿病理专家标注,采用 WHO 2016 肾癌分类标准,区分亚型和分级。
- 数据特点:亚型形态重叠度高(如乳头状癌 1 型 vs 透明细胞癌),考验模型精细分类能力。
- 应用价值:肾癌精准诊断的 AI 工具,辅助区分亚型(影响治疗方案,如透明细胞癌对免疫治疗更敏感)。
34. CATCH(儿童癌症影像)
- 下载链接: TCIA - CATCH
- 描述:
- 模态:儿童癌症多模态影像(CT、MRI、X 光)+ 病理 WSI(儿童肿瘤为主)。
- 任务:肿瘤检测(儿童罕见肿瘤)、分期评估、治疗响应监测。
- 部位:儿童常见肿瘤部位(脑、肾、肝、骨),含 神经母细胞瘤、Wilms 瘤、横纹肌肉瘤 等。
- 样本规模:200 + 例儿童患者,含 初诊、治疗中、复发 阶段影像,部分含病理活检。
- 数据结构:影像含儿童特有的解剖结构(如未发育完全的器官);病理 WSI 来自穿刺 / 手术标本。
- 标注细节:儿科肿瘤专家标注,考虑儿童肿瘤的 低侵袭性、形态特殊性(如神经母细胞瘤的菊形团)。
- 数据特点:儿童肿瘤异质性强 + 样本稀缺,推动罕见病 AI 模型开发。
- 应用价值:填补儿童肿瘤 AI 数据空白,支持儿科肿瘤精准诊疗,减少辐射暴露(低剂量扫描)。
35. SkinCancer(海德堡皮肤癌)
- 下载链接: Heidelberg SkinCancer
- 描述:
- 模态:皮肤癌病理 WSI(H&E、免疫组化,40×,含黑色素瘤、基底细胞癌)。
- 任务:皮肤癌分类(黑色素瘤、基底细胞癌、鳞状细胞癌)、侵袭深度评估(Breslow 厚度)。
- 部位:皮肤表皮、真皮(聚焦 肿瘤 - 表皮连接区、侵袭前沿)。
- 样本规模:500 + 例,含 原位癌、侵袭性癌、转移灶,配套临床照片(体表外观)。
- 数据结构:WSI 关联临床照片(体表位置、颜色),标注肿瘤边界、侵袭深度、卫星灶。
- 标注细节:皮肤病理专家标注,采用 Breslow 厚度、Clark 分级标准,标记黑色素瘤的 不典型痣细胞。
- 数据特点:病理 - 临床图像关联(体表→病理),支持多模态皮肤癌诊断。
- 应用价值:皮肤癌 AI 诊断的 “病理 - 临床” 融合模型,辅助皮肤科医生判断良恶性。
36. MHIST(乳腺病理影像)
- 下载链接: BMIRDS - MHIST
- 描述:
- 模态:乳腺病理显微影像(H&E,40×,单张尺寸~1,000×1,000 像素,ROI)。
- 任务:二分类(正常乳腺组织、乳腺癌组织)、组织学模式识别(腺管、小叶)。
- 部位:乳腺导管、小叶、间质(肿瘤与正常组织的边界区)。
- 样本规模:1,000 + 张 ROI,来自 100 + 例患者,含 导管原位癌、浸润性癌。
- 数据结构:ROI 标注 组织学模式(如正常腺管、异型腺管、实性癌巢)。
- 标注细节:乳腺病理专家标注,区分正常腺管的 双层结构(上皮 + 肌上皮)与癌组织的单层结构。
- 数据特点:聚焦结构细节(如腺管双层结构),考验模型对细微形态的识别。
- 应用价值:乳腺病理 AI 的基础训练数据,适合研究 “结构模式→良恶性” 的关联。
37. WSSS4LUAD(肺腺癌弱监督分割)
- 下载链接: WSSS4LUAD Challenge
- 描述:
- 模态:肺腺癌病理 WSI(H&E,40×,含贴壁型、腺泡型、实体型等亚型)。
- 任务:弱监督语义分割(仅 WSI 级标签,分割肿瘤区域)、亚型识别。
- 部位:肺腺癌肿瘤组织(聚焦 不同生长模式的区域,如贴壁型的肺泡结构、实体型的实性巢)。
- 样本规模:200 + 张 WSI,含 多亚型混合 病例,WSI 级标签为 “肺腺癌”。
- 数据结构:无像素级标注,仅 WSI 级标签,需模型自动发现肿瘤区域。
- 标注细节:病理学家提供 WSI 级诊断(“肺腺癌”),无精细标注,模拟临床实际诊断场景。
- 数据特点:弱监督设定(仅图像级标签),推动少标注、高效的病理分割算法。
- 应用价值:解决病理标注成本高的问题,验证弱监督学习在病理 WSI 分析中的可行性。
38. LC25000(肺结肠病理)
- 下载链接: GitHub - LC25000
- 描述:
- 模态:肺、结肠病理 ROI(H&E,20×,尺寸~224×224 像素)。
- 任务:二分类(肺癌 / 结肠癌 vs 正常组织)、癌种分类(肺癌 vs 结肠癌)。
- 部位:肺肿瘤、结肠肿瘤、对应正常组织(肺实质、结肠黏膜)。
- 样本规模:25,000 + 张 ROI,肺癌、结肠癌各 10,000 + 张,正常组织 5,000 + 张。
- 数据结构:ROI 标注 癌种、组织类型(肿瘤 / 正常),来自手术标本 WSI 的典型区域。
- 标注细节:病理学家标记 ROI 的癌种和组织类型,确保标签准确。
- 数据特点:双癌种对比(肺、结肠),支持癌种鉴别诊断 AI 开发。
- 应用价值:基础癌种鉴别数据集,适合初学者验证分类算法,理解不同癌种的病理形态差异。