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Unsupervised mutual transformer learning for multi-gigapixel Whole Slide Image classification

引言

我们的算法受到观察WSI 中负块和正块的自动编码器重构误差行为的启发。我们发现,与负块相比,正块的这种误差通常更为显著。我们的解释是,负片比正片更同质,正片在纹理和图案方面表现出更大的变化(Turashvili and Brogi,2017;Alizadeh et al.,2015;Marusyk and Polyak,2010)。我们通过测量 CAMELYON-16 数据集中所有正片的 DCT 变换的平均片内熵为 0.881(负例为 0.556)来验证这一事实。通过测量每个片内小局部窗口之间的相似性也验证了同样的事实。使用皮尔逊相关系数(PCC),我们发现正例局部窗口内片内平均 PCC 为 0.357,而负片的平均 PCC 为 0.771。

说白了正片之间的更差异化,负片之间更相似

方法

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(A)训练过程:(a)显示未标记的 WSI,(b)提取大小为 224×224×3 像素的实例;(c)特征提取头;(d)Transformer 伪标签生成器 (TPLG);(e)TPLG 变换损失(等式(4));(f)来自 TPLG 的伪标签(等式(5));(g)Transformer 伪标签清理器 (TLC);(h)伪标签清理器损失(等式(6));以及(i)来自 TLC 的伪标签(等式(7))。

(B)推理过程:(a)未标记的测试 WSI,(b)大小为 224 × 224 × 3 像素的实例,(c)特征提取头,(d)训练有素的 TLC 网络用作实例级标签预测器,(e)预测的 WSI 图,其中红色区域显示正实例,以及(f)实例级标签平滑过程和滑动级标签预测。

Transformer伪标签生成器 (TPLG)根据变换误差为图块分配正/负标签

Transformer 伪标签清理器 (TLC)最小化原始特征向量和逆变换特征向量之间的变换误差。

参考文献: